В ATOM-ATE предметно-ориентированный функционал (например тестирование конкретного типономинала электронного компонента) реализуется с помощью управляющей программы на языке Python, которая может вызывать аппаратно и платформенно зависимые функции, реализованные обычно в виде функций динамически подключаемой библиотеки (DLL) для управления испытательным, технологическим, измерительным и другим оборудованием.
Прикладной модуль представляет собой набор скриптов на языке Python, вызываемых из управляющего скрипта тестовой задачи и используемых функций DLL.
Файлы отдельных прикладных модулей располагаются в отдельных вложенных папках, расположенных в каталоге drive:\TestInstruments\